文献标题：Same-day diagnostic and surveillance data for tuberculosis via whole genome sequencing of direct respiratory samples.
文献来源：J Clin Microbiol 2017 Mar 8
在一项新的研究中，研究人员首次证实一种用于检测病人痰液中肺结核细菌的不到24小时基因测试方法（sub-24 hour genetic test）能够替换标准的肺结核（TB）诊断方法。
当前要获得一名肺结核患者的全部诊断信息需要长达两个月的时间，这是因为肺结核菌在实验室中非常缓慢地生长。多年来，科学家们一直寻求通过直接检测痰液样品中的肺结核菌DNA来绕过这个耗费时间的步骤。然而，鉴于痰液中的大多数细胞是人细胞，很难在干扰信号（人细胞和其他的细菌）中发现靶信号（即肺结核菌DNA），而且更难发现一种可能在全世界既实惠又实用的方法。
在来自英国牛津大学的研究人员领导下，这种新的基因测试方法利用简单且又相对实惠的材料快速地处理痰液，从而偏好地分离肺结核菌，随后对这种细菌DNA进行测序和分析。这些牛津大学研究人员是与来自英国诺丁汉大学、孟买医学研究基金会和英格兰公共卫生部门的研究人员合作开展这项研究的。
在此之前，DNA测序需要大量的仪器和一个设备完善的实验室，这就限制了它在这个领域的潜在应用。在这项新的研究中，这些研究人员也证实利用一种新的实时手持式测序设备（牛津纳米孔技术公司开发出的MInION），他们利用一种可能在世界上任何地方使用的过程，也能够获得相同的结果。在一个例子中，他们获得测试结果所需的周转时间是12.5小时。
利用DNA测序，这种方法不仅能够检测耐药性的肺结核菌（对病人而言是至关重要的信息），而且它也能够追踪肺结核菌菌株在地理上的扩散。这种扩散信息对公共健康工作者而言是非常有价值的。
肺结核是世界上传染病死亡的主要原因之一。2015年，全世界有1.04千万肺结核病例，其中110万死亡病例直接由肺结核引起。
牛津大学惠康基金会人类遗传学中心研究员Zamin Iqbal博士说，“控制肺结核的一个重大挑战之一是在不需要高科技实验室的情形下，开展快速的和全面的测试。我们证实在提取病人痰液样品24小时内，获得用于临床管理和追踪疾病扩散所需的所有信息是可行的。再者，通过利用一种手持式设备实现这一点，我们为在野外对肺结核菌进行诊断测试打开大门。”
论文共同作者Antonina Votintseva博士说，“尽管基因组测序日益增加地用于分析肺结核菌，但是限制因素仍然是需要在实验室中花费数周时间培养肺结核菌。通过开发一种简单且又实惠的方法来提取痰液中的肺结核菌DNA，因而将周转时间降低到24小时以下，我们在开发全面的现场即时诊断方法的目标上迈出了一大步。”
“当然还要开展更多的研究——我们的目标是在病人离开诊所之前给出测试结果，这就有巨大的潜力降低肺结核传播和耐药性。”
惠康基金会创新主任Stephen Caddick博士说，“常规的肺结核测试方法需要数周的时间提供结果。Iqbal博士和他的团队通过开发一种低成本的DNA提取方法而取得重大突破：这种方法能够直接对病人样品中的肺结核菌进行全基因组测试，从而在不到一天的时间里提供测试结果。利用这种技术鉴定出可能对抗生素治疗产生耐药性的肺结核菌菌株的能力可能在抵抗耐药性感染中是非常有价值的，特别是中低收入国家。”
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