公立医院的事业编制管理办法，是我国长期以来将医疗服务定位于社会福利事业的产物，认为医疗服务是一种公益事业，需要政府来管理和控制。公立医院的资金来源，主要在人力资源的补偿上，依靠政府财政补偿基本人头费，特别是在退休人员的养老费用上依靠财政支持。
随着市场经济的发展壮大，公立医院已经变成主要依靠自己创收，而非财政，来获得大部分的资金，财政补偿在公立医院人力补偿上的作用越来越小。特别是对于三级医疗来说，政府财政的补偿作用更不重要。事业编制的影响更多体现为一种地位和特权，这主要表现为就业的稳定和保障，医疗机构无法轻易解雇事业编制人员，从而使得事业编制成为一种事实上的铁饭碗。事业编制人员的退休养老收入也高于企业退休人员。
尽管事业编制的作用逐步削弱，但是长期以来对于人们观念的影响根深蒂固，人们并不愿意放弃这种特殊待遇。对于基层公立医院来说，与事业编制相应的财政补偿经费，仍然具有比较重要的作用。长期以来我国医疗服务定价制度的僵化，政府定价和长期不变的价格水平，使得医疗服务的价格严重偏离了成本。从而，公立医院无法从市场上得到医疗服务的合理补偿，只能依靠药品和检查来弥补亏损。
医生是医院财产还是人力资源？
在事业编制的管理体制下，医生成为医疗机构的财产。医生在获得事业编制待遇的同时，也丧失了自己职业发展的一些机会。医生享有事业编制带来的铁饭碗保护，享有退休养老的待遇，同时也意味着医生无法享有自由执业和工作流动的权利。由于事业编制无法随医生变换工作而流动，事业编制阻碍了医生的自由流动和改换工作。尽管公立医院通过使用合同工来补偿护理和辅助人员，但是很难通过编外人员的方式来吸引医生。这与医生培养的成本、医生职业的风险、医生的社会地位等特殊性有关。
因此，随着我国经济发展水平的提升、人们收入水平提高、社会医保覆盖面的提高，老百姓对于医疗的需求增长很快，对于医生的需求增长很快，但是我国医生人数和医生教育水平的提升速度却远远落后于人们需求的变化。更严重的问题是，我国医学院培养的医学生，大部分改行，没有从事临床医生的工作，造成人力资源的严重浪费。
长期以来，公立医院占有整个医疗市场的大约90%的份额。尽管多年来政府鼓励社会多元办医，鼓励民营医疗的发展，但是民营医疗由于没有事业编制的待遇，难以与公立医疗竞争，无法吸引医生来民营医疗机构工作。个别民营医疗机构采取提供类似于事业编制的同等待遇来吸引医生，但是作用仍然非常有限。因此，事业编制不仅阻碍了公立医疗机构的发展，更是阻碍了民营医疗的发展壮大，使得公立医疗一统天下的局面迟迟不能改变。
事业编制改革难在既得利益
对于既得利益的改革是最困难的，事业编制的改革同样如此，因此需要采取各种方法来逐步削弱。
首先，需要将公立医疗机构有一个更清晰的定位。只有那些市场和社会无法办理的医疗机构，才需要由公立医疗来办理。例如，传染病医院、精神病医院、贫困和边疆少数民族集中的不发达地区的医院，这些医疗机构无法靠市场的收入来得到合理补偿，所以只能主要依靠政府财政的支持。这些真正意义上的公立医院，收入补偿应当以政府财政经费为主，同时需要向病人提供低于市场价格的公益性服务。当我们界定了这些公立医疗机构后，可以保留事业单位的编制，提高医疗人员的待遇，但是同时那里的医生不享有多点执业等自由。
其次，对于那些不具有真正公立医院性质的公立机构，可以在暂时不取消编制的前提下，推广合同制，取消铁饭碗的待遇，同时给予医生更多的多点执业和流动的权利。 对于不具有事业编制的医生，也需要提高他们的经济待遇和退休养老费用。还可以让医生自己选择是保持事业编制，还是放弃编制同时获得更大的自由度。
事业编制改革是一个系统工程，其中最重要的环节是改变现有的医疗服务政府定价制度，转变为市场供求双方参与的价格协商谈判制度，让医保发挥更主要的价格谈判作用。在医疗服务价格严重低于成本的情况下，医生的收入无法得到合理补偿，从而只能依靠事业编制给予医生一种就业稳定的补偿。医疗服务价格体制的改革目前已经成为我国医改的一个主要障碍。
取消编制还需要建立制度
我国受过良好教育培训和合乎资质的医生大多都在城市的三级医院内，基层医疗机构缺乏合乎资质的医生，从而大量病人无论大病小病都涌入三级医院，造成我国医疗服务的倒金字塔现象，使得病人看病难的局面无法改变。在一个正常的医疗服务体系下，大多数医生应当在基层的诊所行医，医生作为诊所的所有者或合伙人，这样可以充分调动医生的积极性，保证医生在经济上得到合理补偿。在医生诊所的行医方式下，医生可以与病人保持长期的关系，成为病人的看门人。
英国的全科医生制度发展良好，病人首先需要经过全科医生的服务，才能转去专科医生和医院。英国的全科医生主要就是在自由执业的诊所中行医，而不是医院的雇员。这在多数国家中是一个普遍的制度安排。如何发展医生诊所，使得我国的多数医生在诊所内自主行医，这是推动医生多点执业和自由执业的必要途径。因此，取消医生的事业编制还需要建立一个医生行医的完善制度。
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